Na Rejestr Endoprotezoplastyk składają się dwie aplikacje. Pierwsza służy świadczeniodawcom przed wszystkim do wprowadzania informacji o wykonanych wszczepach endoprotez stawowych oraz w uproszczonej wersji konsultantom, druga Oddziałom Wojewódzkim i Centrali NFZ głównie do analizy i weryfikacji wprowadzonych przez świadczeniodawców do bazy informacji. Informacje o zrealizowanych wszczepach endoprotez stawowych są gromadzone w RE od 1 stycznia 2005 r. Aplikacje te w 2021 roku zostały dostosowane do wymogów wynikających z Rozporządzenia Ministra Zdrowia z dnia 3 grudnia 2019 w sprawie rejestru endoprotezoplastyk.